Toen de laatsten zich begonnen te bewapenen en zich vooral in het westen van het land schutterijen vormden, nam Prins Willem V de wijk naar Nijmegen. In Duitsland kon hij nl. rekenen op de steun van Koning Frederik van Pruisen, de broer van zijn echtgenote, Prinses Wilhelmina. Deze laatste besloot in 1787 de Patriotten uit te dagen door alleen terug te keren naar Den Haag, maar haar rijtuig werd door de schutterijen bij Goejanverwellesluis tegengehouden. Dit voorval was voor haar broer aanleiding om met 25.000 man troepen ons land binnen te vallen en de Patriotten met geweld te verjagen. Vooral de Vrijmetselaarsloges moesten het ontgelden en de leden van die loges vluchtten dan ook massaal naar Frankrijk.
De Delftse Vrijmetselaren, die lid waren van loges in Den Haag en Rotterdam, werden van hun burgerrechten en functies ontheven en kwamen terecht in Duinkerken, waar in die tijd nog Vlaams gesproken werd. In 1790 stichtte men aldaar tesamen met de Rotterdammers en Hagenaars een loge 'Les Vrais Bataves' (De Ware Bataven), die voorbereidingen trof voor een terugkeer naar ons land. Een belangrijke rol speelde in die loge generaal Daendels, die een groep militairen uit de loge recruteerde en die in de barre winter van 1795 de Franse generaal Pichegru ter zijde stond om Holland weer te 'heroveren'.
Al in de zomer van 1795 keerde de loge 'Les Vrais Bataves' terug naar Den Haag, waar men in de Doelen zijn bijeenkomsten hield. Voor de Delftenaren was de afstand naar Den Haag in die tijd toch wel een obstakel en na enkele jaren al besloot men de oprichting van een eigen Delftse loge aan het Hoofdbestuur aan te vragen. In het jaar 1800 kreeg men daarvoor de benodigde vergunning en zo werd in het voorjaar van 1801 tot installatie van de Delftse loge Silentium overgegaan. Daarbij waren een groot aantal Vrijmetselaren aanwezig, die in Duinkerken lid van 'Les Vrais Bataves' geweest waren, welke loge overigens tot 1813 in Den Haag onder die naam bleef voortbestaan.
In Frankrijk had de Vrijmetselarij een belangrijke rol gespeeld bij de totstandkoming van de revolutie in 1789, maar was er al rond 1800 een bepaalde mate van teleurstelling aanwezig, omdat de dictatuur van Napoleon een einde maakte aan de beginselen van 'Liberté, Egalité et Fraternité' (Vrijheid, Gelijkheid en Broederschap). In de Franse loges werd in die tijd dan ook de trits 'Entendre, Voir et Se Taire' gelanceerd, het 'Horen, Zien en Zwijgen', dat ook in ons land in de beeldjes van de drie aapjes in menig arbeidersgezin gesymboliseerd werd. Dit enigzins teleurgestelde 'Zwijgen' over dat wat men gezien en gehoord had, is de achtergrond geworden van de naam 'Silentium', wat 'Stilte' betekent over datgene wat men in zijn omgeving wel degelijk had waargenomen.
Onder de Franse bezetting van ons land ontstond merkwaardigerwijs tot 1810 de situatie, dat Koning Lodewijk Napoleon (de broer van de Franse keizer) zelf lid van de Orde van Vrijmetselaren werd en daarin een belangrijke rol speelde. Na de inlijving bij Frankrijk in 1810 veranderde de toestand in Holland enorm en pas in 1813 kreeg men na de terugkeer van Willem I als Koning van ons land weer een acceptabele situatie. De beide zoons van deze energieke Oranje-vorst werden vrijmetselaar en de tweede zoon, Prins Frederik, zou ruim 50 jaar als Grootmeester de leiding van de Orde op zich nemen.